Komora měst se v prvních letech po ustavení komor samostatně nescházela. Její členové, kteří zasedali v Radě Svazu, se nedomnívali, že je to nezbytné. Vypovídalo to o tom, že Komora měst nepotřebovala řešit svoje specifické - "městské" - problémy a ty obecné, kterých bylo vždy dost a dost, ale které se týkaly jak měst, tak i obcí a statutárních měst, dostatečným způsobem v rámci svých možností řešily a řeší vrcholné i poradní orgány Svazu. Komora měst tedy pracovala jako integrální součást Svazu. Své první samostané jednání uskutečnila Komora měst až v říjnu roku 2000. Důvodem byla chaoticky připravovaná reforma veřejné správy, zejména pak její druhá etepa, která se právě středních měst týkala asi nejvíce. Členové Komory měst věnovali, a i nadále věnují, velkou pozornost převodu kompetencí státní správy na tzv. obce III, tedy obce s rozšířenou působností. Snaží se především prosadit, aby přenesený výkon státní správy byl plně financován ze státních prostředků.